مجموعه کتابخانه شخصی مرحوم آیت الله علامه شیخ محمدحسین نجفی عاملی و موسسه فرهنگی آیت الله ضیاء الدین نجفی تهرانی مشتمل بر حدود 6000 نسخه به کتابخانه مسجد اعظم قم اهداء شد. برای انتقال این مجموعه از تهران به قم، در مدت یک هفته آماده سازی و بسته بندی مجموعه انجام و توسط دو کامیون به قم انتقال یافت.
بخش عمده این مجموعه اهدائی کتاب های چاپی حوزه علوم اسلامی بوده و 64 نسخه خطی و 240 چاپی سنگی و نیز نشریات در میان این مجموعه اهدائی وجود دارد.

همچنین تعداد 30 قفسه کتاب نیز در کنار این مجموعه به کتابخانه مسجد اعظم اهداء گردید.

این مجموعه در همان بدو ورود به کتابخانه، توسط کارشناسان مربوطه در روند آماده سازی و ورود منابع به چرخه استفاده مخاطبان قرار گرفت.این منابع بعد از سازماندهی و ورود اطلاعات در نرم افزار کتابخانه، برای مخاطبان قابل استفاده خواهد بود.